跨研究整合先保留差异
Morphinome 相关研究把多篇吗啡蛋白质组论文放进统一框架，价值在于观察哪些蛋白被不同实验反复报告。
统一名称有助于比较，但实验设计仍需保留。
脑区改变问题本身
伏隔核、前额叶、杏仁核和其他脑区承担不同功能，蛋白变化不能脱离取样位置解释。
整脑样本和特定脑区样本也不应直接放在同一尺度比较。
剂量与给药方式影响反应
急性与慢性给药、不同剂量和给药途径会产生不同生理背景。
如果只保存蛋白名称与上下调方向，后续分析会失去决定性条件。
时间决定观察窗口
给药后数小时、数天或停药后的变化可能属于不同阶段。
跨论文比较前应把采样时间转换为可理解的时间线。
平台会带来选择偏差
二维电泳、质谱平台、搜索库和定量方法会影响哪些蛋白能够被识别。
重复出现可能说明信号稳定，也可能部分来自平台更容易检测某类蛋白。
结构预测只是后续问题
候选蛋白进入 AI 结构分析前，应先确认物种、亚型与具体序列。
结构线索可以提出新假设，但不能替代成瘾机制和行为实验。