模型从序列开始推断
蛋白结构预测把氨基酸序列及其演化信息转换为空间关系。它可以快速提供实验尚未覆盖的结构线索，也能帮助比较结构域和保守区域。
模型输出的是基于训练资料与算法形成的预测，不是显微镜或衍射仪直接观察到的样本。
局部可信不等于整体正确
一段螺旋或折叠区域可能具有较高置信度，结构域之间的相对方向却仍不确定。阅读时要把局部置信度与整体位置误差分开。
长链蛋白、柔性连接区和无序区域尤其容易出现看似连续、实际不稳定的构象。
环境可能改变蛋白状态
膜蛋白、配体结合、酸碱度、翻译后修饰和复合体伙伴都会影响结构。单条序列预测无法自动重建所有细胞环境。
研究问题如果涉及特定状态，应明确模型是否包含相应分子与条件。
结构相似不等于功能相同
相似折叠可以提示共同来源或可能功能，却不能单凭外形确认底物、通路或疾病作用。
功能判断还需要序列位点、表达位置、生化实验和已有文献共同支持。
预测更适合安排验证
结构结果最有用的地方，往往是缩小实验范围：选择突变位点、设计构建体、比较不同亚型或提出互作界面。
把预测写成可验证假设，比把图像当成最终结论更符合研究流程。
版本必须和结果绑定
模型、数据库和输入序列更新后，同一蛋白可能得到不同结果。保存版本、参数与日期，才能解释差异。
FastLink 传输结果时应保留原始输出与摘要图，避免只有截图而没有可计算文件。